Опыт использования СПО в микроскопии — моторизованный микроскоп и Micro-Manager (Татьяна Смирнова, OSEDUCONF-2014)
Материал из 0x1.tv
Аннотация
- Докладчик
- Татьяна Смирнова
На кафедре Клеточной биологии и гистологии Биологического факультета МГУ мы ведем исследовательскую и учебную работу с использованием моторизованных микроскопов. Использование моторизованных периферических устройств расширяет область применения микроскопа, а также снижает затраты на получение единичной микрофотографии вплоть до полной автоматизации съёмки.
В качестве ПО для управление моторизованными частями микроскопа нами выбрана свободная программа MicroManager, которая обеспечивает полную поддержку всех имеющихся компонентов оборудования. MicroManager запускается как плагин к свободной программе ImageJ, широко используемой при обработке научных изображений и имеющей большой набор готовых модулей обработки и анализа изображений. Связка из MicroManager и ImageJ предоставляет фреймворк для автоматизированного получения и анализа микрофотографий с низким порогом вхождения.
Возможности программ демонстрируются на примере двух учебных задач, предлагаемых студентам нашей кафедры.
Видео